Hoàng Hồ Khánh Vân sinh ngày 3 tháng 5 năm 1997 tại Minsk, Belarus.[1][2] Nguyên quán của cô ở Nghệ An.[3] Cô được sinh ra và lớn lên trong một gia đình có truyền thống về âm nhạc. Mẹ cô là một giảng viên khoa Nhạc cụ dân tộc tại Học viện Âm nhạc Quốc gia Việt Nam.[2] Chị ruột của cô là Hoàng Hồ Thu, một nghệ sĩ piano thường xuyên tham gia biểu diễn với cô và là người có ảnh hưởng lớn đến Hoàng Hồ Khánh Vân.[4]

Cô cho biết ngay từ nhỏ, mẹ đã khơi gợi cho cô về kiến thức âm nhạc cổ điển, hướng dẫn học đàn vĩ cầm, luyện nghe và cảm thụ âm nhạc. Bên cạnh đó, giai đoạn đầu, chị gái của cô còn giúp cô mở mang kiến thức nghệ thuật và tìm được niềm vui với âm nhạc.[5]